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OpenSafely:帮助研究人员了解COVID-19的开源平台

作为全球最大的医疗保健提供者, NHS 它具有科学家和研究人员需要访问的大量健康数据,以使其更容易找到治疗方法或预防疾病。 科学家和研究人员并非总是能够获得他们想要的NHS患者数据。 但是,COVID-19的威胁促使NHS尽快将庞大的数据存储库提供给科学家和研究人员,以帮助他们找到问题的答案,例如为什么某些人更可能死于该病毒。患者服用的药物是否有副作用,是否有严重的症状。 OpenSafely,一个新的 平台 包含详细数据的开源软件 档案 在英国,有数千万人参加了NHS,他们的健康状况可供科学家和研究人员用来对抗COVID-19。 通过OpenSafely平台,科学家和研究人员将能够分析数百万人的电子健康记录,以了解COVID-19。 这些文件包含完整的文件 数据 24万人,不久将增加更多人。 的 软件 分析可以进行安全测试,科学审查和重用。 OpenSafely由牛津大学,伦敦卫生与热带医学学院以及医疗公司在短短五个星期内创建的。 NHS England负责数据处理。 尽管在COVID之前就存在创建诸如OpenSafely之类的数据分析平台的想法,但病毒的威胁以及对NHS所拥有数据价值的理解促使组织实施该项目。


有关的问题 安全 过去,由于保密性和机密性极高,这些项目阻碍了需要将NHS数据用于研究的项目。 OpenSafely使用一系列分步表,每个表都提供很少的有关个人的信息,研究人员无权在事件级别执行对患者数据的数据库查询。 为了尽可能确保NHS患者的数据安全,OpenSafely已转变为 模型 基于对一个依据的信任。

科学家和研究人员将只能在数据中心内分析OpenSafely数据,其中包括公司的电子健康记录。 与通常由研究人员在本地工作的数据集模型(从而使其暴露于所有本地安全风险)不同,所有分析都在文件所在的位置进行,并且研究人员只能提取研究表。开源许可证,所有代码都发布在 GitHub上 与研究的定义并行进行的是在数据中进行的第一个研究。
像OpenSafely这样的项目最终可以帮助科研界采用更开放,更少专有的数据和分析方法。 团队创建OpenSafely的方式旨在鼓励科学家和研究人员分享他们的工作。 当用户创建密码列表(例如具有特定状态的人员列表)或详细的脚本时,所有内容都会在GitHub上共享。


OpenSafely很快就结出了硕果。 根据上个月发布的17万档案的研究,“黑人和亚洲背景”的人死于COVID-19的可能性更大。 还应确定死于COVID-19的关键危险因素,包括男人,老人或患有严重的哮喘或控制不良的糖尿病。 通过使用一个由程序员和流行病学家组成的团队,OpenSafely能够在短短几周内从结构研究过渡到首次研究。 预期将使用OpenSafely数据来帮助回答以下问题:拟议的治疗方法对COVID-19的有效性,产生严重症状的风险因素,病毒如何传播以及干预对公众健康的效果如何,以及由病毒引起的意外健康影响,例如癌症或疫苗的延期转诊。 还计划了该项目的第二阶段,而不仅限于COVID-19。

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